江戸時代において、御台所は主に江戸幕府将軍の正室の呼称として用いられていた。ここでは徳川将軍家の御台所について扱う。
将軍正室として大奥一の立場にあった御台所は、征夷大将軍となった時点で既に正室がいなかった初代将軍家康、徳川幕府成立以前の豊臣秀吉存命中に正室（継室）於江（於江与)を迎えた二代将軍秀忠は別として、大奥の制度が確立されて以降、天皇家、宮家、公家（摂家）から迎えるのが慣例となっていた。例外として、島津家出身の十一代徳川家斉御台所・寔子と十三代徳川家定御台所・敬子がいるが、輿入れに先立って両人とも近衛家の養子となり、公家の姫として輿入れしている。これは、御台所に将軍家正室としての格式が求められたためになされた処置であると考えられる。
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また、正式の側室を持たなかった二代秀忠御台所の於江が三代将軍家光の生母となった以外、将軍生母となった御台所はいない。これは天皇家、宮家、公家の外戚を持つ将軍が生まれないよう、大奥が管理していたからともされる。御台所は大奥の女主人であったにも関わらず、大抵の場合、実権は御年寄や世継ぎを産んだ側室、将軍生母が握っていたため、御台所としての本来の立場を維持していた例は少ない。実際、実権を持っていた御年寄や側室たちには、女中たちの居住区「長局向」とは別に独立した住まいを与えられていた。しかし、六代家宣の時代に改革がなされて、御年寄や側室の住居は「長局向」だけに留められた。更に側室の位置づけがあくまでも臣下とされるようになり、御台所は側室の産んだ子の嫡母の待遇を受けるようになるなど、御台所の扱いは大きく改善されていった。生母に対しても、将軍家内での順位は生母が最も低いため、御台所の権威を生母が揺るがす事はなかった。
夫たる将軍が亡くなった場合は落飾して西丸へと移り、将軍の菩提を弔い余生を過ごす事となっていた。それでも時代によっては、「大御台所」として多大な影響力を保持し続けた例もある。ちなみに正室によっては、立場上の問題や大奥入りしなかったために御台所と呼称されなかった者もいる。